El 5 de Junio de 1895  se suscito en la República del Ecuador la revolución política que puso a prueba la idiosincrasia acendradamente cristiana  del pueblo ecuatoriano, extendiendo a toda la nación la guerra civil, porque la conciencia católica  de los ciudadanos, alertada por sus prelados acerca de los inminente peligros contra la paz y la religión, se resistía a ceder el campo a las nuevas corrientes ideológicas anticatólicas que la revolución trataba de imponer en el país.

Las propias palabras de Francisca de las Llagas nos revelan lo que para ella significaron los sucesos del 4 de mayo de de 1897 y cuan decisivos fueron para su vida. El martes 4 de mayo, se cometió en Riobamba en la iglesia de los padres Jesuitas, a las 6 horas el mas horrendo sacrilegio; rompieron el sagrado tabernáculo profanaron la santísima Eucaristía y los vasos sagrados. Horrorizadas ante crímenes tan espantosos, agravados con el asesinato del Padre Emilio Moscoso, S.J.