En la nueva distribución de personal religioso considerada necesaria por El P. Ministro Provincial, el P. Francisco María Alberdi, fue designado a Lima _ Perú, y el P. Antonio María a Loja, lugar mas austral del Ecuador, estos destinos tan lejos, de quienes habían ayudado a la consolidación de la comunidad, tendrían sus consecuencias, ya que de pronto se veían privada de el apoyo y dirección de quienes todavía no podrían prescindir, sobretodo porque el Ministro Provincial, no había designado otro sacerdote, para atender a la comunidad de San Diego, por lo que quedaba en total abandono espiritual, y todavía mas, porque exigía la devolución  del convento de San Diego.

Otro acontecimiento doloroso para el naciente Instituto, fue la muerte del Señor arzobispo, Mons. Pedro Rafael González Calisto, que con tanta benevolencia concedió el decreto de  fundación de la congregación  y la aprobación de las Constituciones y seguía muy de cerca el desarrollo de la comunidad, esto sucedió el 27 de marzo de 1.904.Al ver el estado de abandono espiritual y la situación precaria en que se hallaba el instituto, el Señor Vicario Capitular de la Arquidiócesis de Quito, después de la muerte del Arzobispo, creyó conveniente prohibir el ingreso de nuevas postulantes al noviciado y suspender la renovación de los santos votos religiosos a las profesas cuyo tiempo se había cumplido. Ante tal situación, las religiosas que no encontraban otro recurso que refugiarse en la oración y la penitencia, insistieron con sus suplicas ante el Vicario, para que les permitiera renovar sus votos, a lo que el Señor Vicario capitular accedió, pero antes les hizo una visita, en la que se dio cuenta del espíritu de amor y abnegación que les animaba a las religiosas.

El nuevo Arzobispo de Quito, Mons. Federico González Suárez al enterarse del naciente instituto y la situación por la que atravesaban poniendo en peligro la subsistencia de las religiosas a eso se añadía la persecución contra la iglesia Católica por parte del gobierno civil ecuatoriano, creyó conveniente ratificar, hasta nueva orden, la prohibición de recibir novicias. Por su parte, la M. Mercedes  del Santísimo Sacramento Romano, que tras la erección canónica de instituto había sido designada  Superiora de la Comunidad y, una vez cumplido el periodo de 3 años, había sido remplazada por elección de sus compañeras por la  M. Francisca de las Llagas; la M. Mercedes Romano, intentaba mantener al instituto por todos los medios posibles, tal vez fuera del Ecuador, o en otra diócesis fuera de Quito… iban pasando los días y se acumulaban las penas y angustias sobre los miembros del instituto, además, porque se iba reduciendo el numero, solo estaban las fundadoras, quienes se refugiaban en la oración y e sacrificio. Se aproximaba el día de la renovación de votos temporales de las religiosas profesas y la M. Superiora María Francisca de las Llagas se dirigió al Sr. Arzobispo para recabar su autorización para renovarlos.

La respuesta del prelado no pudo se mas dolorosa: “que los miembros de dicha comunidad están en libertad para volver a sus hogares o para pasar a cualquier otro instituto aprobado por la iglesia.