La más angustiosa perplejidad se apodero del espíritu de la M. María Francisca de las Llagas y de sus compañeras. Eran evidentemente momentos en que todo se convertía  en interrogantes sin respuesta. ¿Por que o como ir a otro instituto, si lo que sentían y de lo que estaban convencidas era de su vocación para este determinado carisma de la reparación eucarística? ¿Como volver a sus hogares cuando los habían dejado por seguir al Señor precisamente en condición de victimas  de desagravio y reparación?  ¿No será precisamente uno de los momentos  en que el Señor quiere que compartan con El la agonía de Getsemaní repetidas tantas veces en los sacrilegios y profanaciones del Augusto Sacramento del amor’’? Por eso, el sagrario, las asiduas vivitas al Señor de la Eucaristía, las horas santas, el vía crucis eran el lugar de refugio y el recurso obligado en aquellos graves y angustiosos días. Y fue precisamente en una de esas prolongadas visitas cuando la M. María Francisca de las llagas había acudido al coro de la iglesia, como para despedirse con lagrimas del Señor presente en el Santísimo Sacramento de la Eucaristía,  pues había que obedecer las disposiciones del prelado; de rodillas ante el santo crucifijo del coro, pensaba a que comunidad podía pasar  y le hacia tierna y amorosamente sus reproches, y corrían sus lagrimas entre sus manos.

Al cabo de un rato  muy prolongado se levanto para dirigirse a su celda, recoger sus poca cosas y abandonar el convento, cuando sintió un peso en el hombro y como le detenían… Alzo la mirada y con sorpresa y admiración vio que era el brazo del Santo Cristo del coro el que le detenía…Era el momento que Dios se había reservado para dar a comprender que la Congregación de Franciscanas Misioneras de la Inmaculada era de su agrado y una obra muy especialmente suya. Algo inesperado en el momento mismo de firmar el documento de disolución hizo cambiar de parecer al prelado, y el impulso a llamar al P. Julio Hervach S.J.  Para encargarle el asesoramiento de la congregación. El padre Hervach emprendió el cumplimiento de su misión guiado por el espíritu de Dios y su primer informe fue tan positivo y favorable que el Señor Arzobispo admitió a las religiosas a la renovación de sus votos para otro trienio.

Con fecha 7 de Julio de 1.907  escribía el P. Hervach a la M. Francisca de las Llagas en los siguientes términos: REVERENDA MADRE, LO QUE A V.R. DICE EL ILMO. SR. ARZOBISPO POR ESCRITO, ESO MISMO ME A DICHO DE PALABRA. Y EN NADA HAY POR QUE ALARMARSE NI V.R. LA  MADRE  VICARIA.

Que si algún día el Sr. Arzobispo, o Dios nuestro Señor, por su medio, quiere tal ves separar los elementos buenos de  los que no lo son tanto, es de esperar que se hará para mayor gloria del Señor y mayor  bien de sea misma fundación. Entre tanto lo que me importa es celar prudentemente la observancia y fomentar el espíritu de fervor  y de abnegación en esa comunidad para que Dios nuestro Señor las colme de gracias. Yo nunca he perdido completamente la esperanza de que dure y subsista esa fundación por cuanto algunos miembros de esa comunidad desean sinceramente servir a Dios y en particular porque a mi juicio el Señor se complace mucho en una de las personas que la componen. Esto en reserva a V.R. y a la madre vicaria. Así pues confianza en el Señor y paciencia por su amor. Que los obstáculos y sufrimientos no son indicio de que el Señor no guste de esa obra sino al contrario…”Y cinco meses mas tarde escribe el Padre desde Pifo lo siguiente: “Reverenda madre: compadezco sinceramente a V.R.  Por  tanto trabajos como esta pasando. ¡ El señor quiera darle gracia para sufrir con longanimidad por su amor!. Aun no me persuado que el señor arzobispo quiera deshacer esa fundación, pues me dijo terminantemente que no quería deshacerla. Y así no debe V.R.  irse, sino mantenerse firme… no se apure V.R. en demasía por la pobreza de esa casa. por ahora quiere hacerlas gustar algo la pobreza de san francisco de Asís. en cuanto a las dificultades con que tropieza la fundación, se puede esperar que son y serán para mayor bien de la mismas comunidad. Al menos yo no desespero de que el señor se sirva de ser glorificado por esa comunidad.”Sostenida y alentada m por el P. Hervach, la M. Francisca continuo con entereza y fortaleza heroicas sosteniendo la fe y la confianza de sus hermanas en medio de tantas tribulaciones y recabando del Señor con lagrimas y suplicas la supervivencia de su congregación para su mayor servicio y gloria. “CONFIANZA EN EL SEÑOR Y PACIENCIA POR SU AMOR”, le había aconsejado el P. Hervach al mismo tiempo que le manifestaba que nunca había perdido la esperanza de que dure y subsista la fundación. Un año mas tarde el 3 de Abril de 1.909 escribe el P. Hervach: “REVERENDA MADRE… ESPEREMOS QUE EL SEÑOR QUERRA VALERSE DE ESAS SUS SIERVAS PARA GLORIFICARLE. ¡QUIERA NUESTRA SEÑORA DE LOS DOLORES ALENTARLAS A TODAS EN SU VIDA ATRIBULADA! DICEN QUE LA CRUZ ENCIERRA MUCHA DULZURA.