Hervach, le había aconsejado “no se inquiete mucho por el oficio que el Señor le ha impuesto. Procure que en el ejercicio de su cargo se mantenga la observancia, humildad y caridad a imitación de Cristo Jesús manso y humilde…Procediendo con recta intención y consultando al Señor en la oración, la cosa no ira mal… esta lección había calado muy hondo en el corazón de Francisca y la puso en practica  en toda su actuación como fundadora y como superiora. Durante los años que le toco guiar a la congregación hubo celo de la observancia, humildad, caridad a imitación de Cristo manso y humilde, son las características de Francisca de las Llagas en toda la Congregación, primero de 1.921 a 1.927 y luego de 1.931 a 1.942. Al termino de este periodo fue nombrada contra su voluntad SUPERIORA GENERAL VITALICIA, con beneplácito del Señor Arzobispo  de Quito, Mons. Carlos María de la Torre, que había comprendido cuan necesaria era para la Congregación la presencia y solicitud de la Madre Francisca de las Llagas. 

 En 1.952 presento la renuncia aduciendo su edad, ya que la congregación había crecido bastante, el prelado no acepto su renuncia sino que nombro una vicaria general en la persona de la M. Clemencia Peñafiel para que le ayudara en el gobierno de la Congregación, así llego con su delicada salud hasta 1.960, y a la edad de 86 años de edad, se nombro a su sucesora la M. Paulina  Saa Cadena.4 años  de vida y consuelos le tenia reservados para que vea a su congregación aprobada por el bondadoso PAPA JUAN XXIII, MEDIANTE  EL DECRETO IN LAUDIS, expedido el 27 de Abril de 1.962.